El tratamiento EMDR implica 8 fases. Las dos primeras van enfocadas a explorar la historia del paciente a fin de detectar las experiencias bloqueadas en el sistema nervioso -que no se han podido procesar y que están directamente relacionadas con los problemas actuales-.
El paciente con altas cargas de memorias no procesadas puede estarlas evocando constantemente, rexperimentando síntomas ante eventos que son similares al evento original.
Se trabaja primero sobre la historia personal y luego sobre información, recuerdos, experiencias y residuos emocionales asociados a los síntomas por los que se está consultando. Una vez identificadas las memorias contribuyentes, se orienta al consultante a través de un protocolo ordenado para que pueda acceder a ellas de manera tolerable para él, mientras recibe estimulación bilateral, lo que permite desbloquear el sistema de procesamiento de la información (SPIA) y promover la integración y el reprocesamiento, lo que resulta en conductas adaptativas y funcionales.
Los movimientos oculares parecen funcionar con los mismos principios que rigen la fase REM (Rapid Eye Movement) del sueño. Tan pronto como cada recuerdo es procesado, deja de inquietar, perturbar o generar malestar. La persona logra observar, evaluar y comprender el recuerdo desde un punto de vista distinto y sin las cargas emocionales originales y encontrar y desarrollar nuevos recursos personales.
