La psicoterapia con niños incluye la comprensión del desarrollo humano, entendiendo como crecen, aprenden, cambian y se relacionan. Muchas teorías sobre el desarrollo humano se han enfocado en la etapa adulta cuando se trata de recomendaciones de tratamiento y guías para la psicoterapia.  En los niños, un evento traumático puede impactar el desarrollo neurológico y las experiencias futuras en su vida. Desde el modelo teórico de la terapia EMDR se propone que el cerebro procesa el trauma como el cuerpo procesa las heridas físicas. El procesamiento fisiológico de la herida ocurre cuando el cuerpo busca automáticamente los mecanismos para la curación. El cuerpo continua con este proceso curativo hasta que algo bloquea el proceso de sanación como por ejemplo una infección. El proceso natural de sanación requiere entonces de una intervención. Desde el modelo que guía la terapia EMDR se dice que la información se accede, estimula y se lleva a una resolución adaptativa.  Por tanto, la información se accede y el niño ha de poder comunicarla; pero esto es con frecuencia difícil para los niños por no haber desarrollado aún la capacidad de verbalizar su mundo emocional para reportar su experiencia al terapeuta.

El apoyo psicoterapéutico para los niños incluye una evaluación de su etapa de desarrollo antes de la implementación de la terapia EMDR. Se hacen los ajustes a necesidad teniendo en cuenta que los niños codifican memorias sobre todo de  modo sensorial y motor y no tanto por la narrativa coherente de la experiencia. Es por esto que técnicas como arte terapia y terapia del juego son apropiadas para facilitar el tratamiento. Intervenciones con EMDR para niños y adolescentes requieren por parte del terapeuta entrenamiento adicional para cumplir con las necesidades específicas de esta población.